Enquanto Jaden está em alto-mar, seu barco é atingido por uma estrela cadente. Ele acorda em um mundo estranho, habitado por criaturas misteriosas. Um golfinho chamado Aquos lhe diz que ele precisa salvar o universo. Uma organização conhecida como a Sociedade da Luz está desequilibrando as dimensões ao tentar destruir completamente as trevas. Jaden é desafiado por um robô alienígena para um duelo, mesmo sem ter seu baralho. Aquos então mostra a ele um satélite lançado pela KaibaCorp que continha um baralho criado por Jaden anos antes, como parte de um concurso de desenho patrocinado pela empresa. Usando esse novo baralho, Jaden derrota o alienígena e redescobre sua paixão pelos duelos. Ele é enviado de volta à Ilha da Academia, levando consigo seu novo deck, agora infundido com o poder do Neo Espaço — e seu novo parceiro, Elemental Hero Neos.