Durante a excursão escolar para Domino City, os membros da Sociedade da Luz seguem seus próprios objetivos secretos, enquanto Jaden e seus amigos aproveitam para explorar a cidade. Enquanto isso, Aster acredita que Sartorius está mirando em alguns dos duelistas mais fortes do mundo para recrutá-los à Sociedade. Durante o passeio, o grupo conhece Solomon Motou, o avô de Yugi, que se oferece para guiá-los e mostrar alguns pontos históricos da cidade. No entanto, nas cavernas fora de Domino, uma feiticeira misteriosa observa Jaden e lança um feitiço para cercar a cidade com um campo de força formado por espíritos de duelo gigantes. Ela envia dois ninjas mascarados — Frost e Thunder — para capturar Jaden. Os dois sequestram o Sr. Motou, forçando Syrus e Hassleberry a enfrentá-los para salvá-lo. O duelo acontece no topo de um arranha-céu — o mesmo onde Kaiba e Yugi enfrentaram Lumis e Umbra no passado.