Shinji é resgatado a tempo e agora o alvo do Anjo é a central da NERV. Recuperado, Shinji é intimado a fazer parte de uma operação de emergência ao lado de Rei para conter o ataque do Anjo, mas ele está sem confiança em si e com medo. Mesmo assim, encara a missão e detona o invasor usando o super-rifle Positron JSSDF Fx-1.