Shinji está mais confiante do que nunca. Seus testes de sincronização com o Eva são os melhores dentre as Três Crianças. Porém, tanta confiança acaba lhe sendo prejudicial, pois ele age impulsivamente contra as ordens dadas e lidera o ataque contra o décimo segundo Anjo (Leriel). Por causa de sua manobra, o garoto acaba engolido pela criatura e, enquanto estava preso, Shinji embarca nas lembranças de seu subconsciente e recorda várias coisas como, por exemplo, de seu pai ter sido acusado de matar a esposa. De repente, como que por milagre, Shinji consegue restaurar suas forças e rasga o Anjo de dentro para fora, escapando com vida.